生殖器疱疹的治疗令医生十分头疼，虽然随着科技的进步，一代又一代的抗病毒药物不断问世（如万乃洛韦、泛昔洛韦、喷昔洛韦等），但至今仍没有能彻底杀死所有单纯疱疹病毒的药物，因而复发在所难免。尤其是免疫力低下的患者，更容易反复出现症状。

根据目前的科学水平，生殖器疱疹的治疗还是那句老话，“三分用药，七分调理”。得病并不可怕，患者要建立起治疗的信心。平时应注意爱惜身体，增强抵抗力，戒除不良嗜好，如酗酒、操劳过度等。至于用药方面，目前的治疗建议初次发作的病人服用足量的抗病毒药及进行足够疗程的治疗。很多患者常常是症状一消失就以为万事大吉，没有按疗程用药，给残余病毒的潜伏创造了机会。复发性的病例，应防患于未然，最好在出现前驱症状之前，或皮肤损害出现２４小时之内用药。对频繁发作、顽固性的疱疹主要采用药物长期治疗，抑制病毒的肆虐。

目前，生殖器疱疹还没有特效药能彻底根治，患者得病之后病急乱投医，到处寻访所谓灵丹妙药，既浪费了时间与金钱，也耽误了正规的治疗，到头来伤身又伤心。

生殖器疱疹的治疗极其麻烦，所以防患于未然，最关键的还是要洁身自爱。