肛瘘不能自愈，必须手术治疗。手术治疗原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。肛瘘的保守疗法，一般用于择期手术患者，目的是为了减轻症状和减少发作。

①调理排便：保持大便通畅，防止腹泻或便秘，以减少粪便对肛瘘内口的刺激。

②清洁肛门：每日用温盐水或高锰酸钾1：10000的溶液坐浴1～2次。且要勤换内裤。

③适当用药：可适当使用黄连素、庆大霉素等抗生素口服，以控制炎症。也可适当使用药膏等局部涂抹或中药内服外用。