12岁时月经一个月来两次可能是由于生理因素或病理因素引起的。生理因素包括青春期发育期间体内雌孕激素水平的不规律，这是正常的生理现象，通常不需要特殊治疗，随着孩子的增长，月经周期会逐渐变得规律。

病理因素可能包括排卵功能障碍和子宫出血等。排卵功能障碍可能导致月经不规律，主要是由于体内激素水平的改变引起的。可以通过调整饮食，增加鸡蛋、花生、核桃等食物的摄入，有助于调节排卵功能。此外，在医生的指导下，口服枸橼酸克罗米芬胶囊、黄体酮、戊酸雌二醇片等药物也可以采用。

子宫出血可能是功能失调性子宫出血，主要是由于雌激素水平短暂下降，导致子宫内膜失去激素的支持，从而引发部分子宫内膜脱落并导致阴道出血。可以在医生的指导下口服屈螺酮炔雌醇片、炔雌醇环丙孕酮片、去氧孕烯炔雌醇片等药物进行治疗。

除了上述原因外，月经不规律还可能是由于子宫肌瘤等疾病引起的，如果存在这种情况，应尽快就诊于医院的妇科，并进行进一步的检查以明确病因，必要时可以通过手术治疗解决。