通常情况下，醒来后眼睛仍感到疲惫，可能是因为睡眠质量不佳、干眼症、结膜炎等因素引起的。针对具体原因，患者可以采取相应的治疗方法。以下是具体分析：

1. 睡眠质量不佳

缺乏足够的睡眠、睡眠环境中的噪音过大以及不规律的睡眠时间都会导致睡眠质量下降。睡眠不良会使眼部周围的皮肤松弛下垂，眼周区域出现充血，产生疲劳感。建议改善睡眠质量，保持规律的作息时间。

2. 干眼症

泪液分泌不足或泪液蒸发过快可能引起眼部干涩、瘙痒等症状，也会导致眼睛疲劳。建议在医生的指导下使用人工泪液、甲硫酸新斯的明注射液等药物进行治疗，同时避免用脏手揉眼。

3. 结膜炎

眼睛接触到致病菌可能导致感染，引发炎症，表现为眼睛发红、肿胀、疼痛等症状，偶尔还可能感到疲劳。建议在医生的指导下使用氯霉素滴眼液、更昔洛韦滴眼液等药物进行治疗，同时注意眼部卫生。

除了上述三种原因外，还可能由其他因素引起，如维生素缺乏、角膜炎、巩膜炎等。建议患者及时就医接受治疗。