通常情况下，跑步后在内裤上出现褐色分泌物可能有生理性和病理性原因，例如宫颈炎和宫颈息肉。以下是具体分析：

一、生理性原因

跑步后内裤上出现褐色分泌物可能是靠近月经期时即将来临的表现，或在排卵期由于激素水平下降而导致子宫内膜部分脱落引起的轻微出血。

二、病理性原因

1、宫颈炎

宫颈炎会导致宫颈黏膜充血、水肿，并使其变得脆弱。因此，剧烈运动或性生活刺激后可能会出现褐色分泌物。

2、宫颈息肉

患有宫颈息肉的女性，当宫颈息肉表面破溃时，会出现阴道少量出血。剧烈运动可能会刺激出血增多，形成褐色分泌物。一般建议手术摘除宫颈息肉。

此外，褐色分泌物也可能是由宫颈癌等疾病引起的。如果发生运动后出现褐色分泌物，应暂停性生活和剧烈运动，并及时就医检查原因以进行治疗。