男性精子畸形率高的原因有很多，以下是一些常见的原因：

1. 遗传因素：男性精子畸形率高的原因之一是遗传。如果父母中有一方或双方存在某些遗传疾病，那么他们的孩子也可能患上相同的疾病。

2. 环境因素：环境因素也可能影响男性精子的健康。例如，过度饮酒、吸烟、暴露于有害物质等都可能对精子产生负面影响。

3. 营养不良：营养不良也可能导致男性精子畸形率高。例如，缺乏锌、铁、维生素D等营养素会影响精子的生长和发育。

4. 年龄：随着年龄的增长，男性精子的质量和数量可能会下降。这可能是由于自然衰老或由于疾病或手术等原因引起的。

总之，男性精子畸形率高的原因是多种多样的，需要进行全面检查以确定具体原因。