阴茎短小，大部分是原发的，也就是先天性的，这可以先从阴茎的发育开始了解。

(1)妊娠第10-12周，阴茎刚刚分化好，只有3.5毫米长，这时起作用的是在胎盘分泌的hCG作用下而产生的睾酮。

(2)妊娠的中、后期6个月，阴茎生长速度很快，出生时已达2.5-3.5厘米，这时胎儿垂体开始分泌促性腺激素LH和FSH。

(3)出生后至青春期前(7岁左右)，阴茎生长缓慢，这是因为下丘脑、垂体发育慢，睾酮水平也低的缘故。

(4)青春期开始后，垂体和睾丸激素分泌旺盛，阴茎迅速生长，仅5年左右就达到成人水平，增长增粗。当老年性激素水平显着降低或外科去势后，阴茎可继发性退化。若继发性阳痿停止性接触多年之后，也有可能造成病理性退化，这不是一般所说的用进废退问题，而是平滑肌纤维发生退行性变化的后果。

总之，阴茎的分化与发育全靠体内的睾酮水平，如果妊娠第6-9个月期间，睾酮分泌不足，阴茎发育低于正常速度，出生时阴茎便较小。

那么，怎样才算是真正的小阴茎呢?阴茎在青春期前短于2.5厘米，青春期后短于5厘米，而且发育不正常，没有勃起功能；特别是第二性征发育不良，性功能障碍，无生育力，无精子，这时方可认为是阴茎发育不正常。

(1)病变原发于睾丸的高促性腺激素性腺功能低下症，这时下丘脑和垂体正常，能发出强有力的指令，但睾丸有病，无法执行生产性激素和精子的命令。

(2)低促性腺激素性腺功能低下症，这是因为下丘脑和垂体有病变，不能向下发出分泌睾酮指令。上述两种疾患本书已分别介绍过。

(3)部分性抗雄激素综合征，即阴茎对雄激素不敏感，患者体内睾酮水平正常，但第二性征异常，甚至可能有尿道下裂。

(4)特发性小阴茎，原因至今不明。

阴茎长度的测量方法：一是测疲软状态，二是测勃起状态时的变化。测量时室温宜25°C左右，待心情平静并适当休息之后，用手把阴茎抬平，用硬尺的一端稍用力顶住耻骨联合部，尽量压缩皮下脂肪层，另一端以阴茎龟头尿道外口为基准，所读出的数字即为阴茎常态下的长度。再用皮尺在离冠状缘1厘米的阴茎干部测其周径。由于病人紧张或不适应诊室的环境，他们在医生面前多不能勃起，故常用阴茎的牵拉长度取代勃起长度。