扁桃体炎和疱疹性咽峡炎在发病原因、发病部位以及症状上存在差异，同时它们的治疗方法也不相同。

首先，两者的发病原因不同。扁桃体炎通常是由细菌感染引起的，而疱疹性咽峡炎则主要由疱疹病毒感染引起。

其次，两者在发病部位和症状上有所区别。扁桃体炎引起扁桃体区域的炎症感染，导致扁桃体肿胀和可能出现脓性分泌物。而疱疹性咽峡炎则引起咽喉部位多发性的疱疹，伴有咽喉疼痛的症状。

最后，治疗方法也不同。扁桃体炎的治疗通常需要遵循医生的建议，并使用抗生素类药物，如阿莫西林、头孢氨苄等。而疱疹性咽峡炎的治疗则需要医生指导下使用抗病毒药物，如阿昔洛韦、利巴韦林等。

无论是扁桃体炎还是疱疹性咽峡炎，都属于严重的疾病，因此在患病时应尽早就医进行检查，并根据病因及时进行治疗。