探针在检查瘘管时是常用的，其目的在于弄清瘘管的行径、长短、深浅及内口的位置，一般使用银质或铝合金球头棒状探针。

此项检查十分重要，因穿插管道时易引起疼痛，患者应尽量配合。肛镜和隐窝钩检查也有助于内口的确定。管道液体注入法可以显示内口位置，确定瘘管的范围、走行、形态和数量。临床上多采用注入染色剂、普鲁卡因溶液或甲基丙烯酸树脂。

对复杂性瘘管，反复多次手术的患者，病因不明，瘘管的走行、分支、内口的位置不清者，或疑为囊肿性肛瘘，或骶前囊肿、畸胎瘤破溃后成瘘，或骨结核、克隆病、溃疡性结肠炎并发的肛瘘或骨盆疾病者，可作骨盆摄片和X线造影检查。

对可疑病例和病史在5年以上者可进行病理检查，确定有无癌变或是否为结核性肛瘘。对伤口生长缓慢、长期不愈者，可进行瘘管分泌物细菌培养和药敏试验。

近年来，B超检查越来越普遍，对瘘管的走行、分支均有较直接的显示作用。尤其是对于外口或管道已闭合的瘘管，无法用探针或液体注入法检查，B超检查就有其无可替代的优越性。此项检查对设备及技术要求较高，故在较大型的医院里才开展。