鼻拭子和咽拭子在留取标本位置和材质上有所不同。一般来说，鼻拭子被认为比咽拭子在病毒检测效果上稍好一些。

咽拭子是在咽部进行采集，由于各种原因可能导致病毒含量减弱。而鼻拭子需要进入鼻腔内部，不是外鼻腔，相对于咽拭子来说，风险较低。采集时使用较长的拭子，缓慢旋转并送入鼻腔深处，这个过程比咽拭子需要更长的时间，但可以获得足够的样本量。

鼻咽采集法是从鼻咽部获取样本，鼻咽部位于鼻子后面的喉咙上部。在进行这项测试之前，需要清洁双手，然后将一根小尖头棉签平行于下巴插入鼻腔内，当感到阻力时停下。插入棉签的深度不应超过鼻孔和耳朵之间距离的一半。然后在保持鼻拭子位置的同时缓慢旋转几次，然后轻轻旋转并缓慢取出。如果拭子的尖端完全被样本浸透，就不需要从两个鼻孔采集样本。