囊胚移植第五天，可能出现小腹隐隐作痛的原因有多种考虑，包括腹部受凉、体内激素变化以及宫颈糜烂等。下面对具体情况进行分析：

1. 腹部受凉

如果在囊胚移植后出现小腹隐痛，可能是因为腹部受凉导致的。如果不注意保暖，凉气可能会侵袭腹部，引起肠道快速蠕动，从而出现上述不适症状。女性可以通过多喝热水、适当增加衣物等方式缓解症状。

2. 体内激素变化

通常情况下，囊胚移植后，机体内的激素水平可能会发生较大变化，刺激肠道，导致小腹部位出现轻微隐痛的现象。女性可以适当调整生活作息，确保充足的睡眠，但不应长期卧床，适度活动可以促进身体恢复。

3. 宫颈糜烂

如果存在宫颈糜烂疾病，移植囊胚时可能会刺激到宫颈组织。在炎症长期刺激下，移植后第五天左右可能会出现小腹隐约胀痛的现象。如果只是宫颈糜烂而没有感染，可以不进行治疗。如果宫颈糜烂伴有感染情况，可以使用阴道上药的方法治疗，例如使用黄柏洗液进行阴道冲洗，然后使用复方沙棘籽油栓进行阴道上药治疗。

除了上述因素外，小腹隐隐作痛也可能由先兆流产、宫外孕等因素引起。建议及时就诊进行B超检查，明确具体病因，并根据个人情况接受正确的治疗。