1、低位肛瘘，瘘管位于外括约肌深部以下，可分为低位单纯性肛瘘（只有一个瘘管）和低位复杂性肛瘘（有多个瘘口和瘘管）。

2、高位肛瘘，瘘管位于外括约肌深部以上，可分为高位单纯性肛瘘（只有一个瘘管）和高位复杂性肛瘘（有多个瘘口和瘘管）。此种分类方法，临床较为常用。

1、肛管括约肌间型，约占肛瘘的70%，多因肛管周围脓肿引起，瘘管位于内外括约肌之间，内口在齿状线附近，外口大多在肛缘附近，为低位肛瘘。

2、经肛管括约肌型，约占肛瘘的25%，多因坐骨肛管间隙脓肿引起，可为低位或高位肛瘘，瘘管穿过外括约肌、坐骨直肠间隙，开口于肛周皮肤上。

3、肛管括约肌上型，为高位肛瘘，较为少见，约占肛瘘的；④肛管括约肌外型，最少见，仅占肛瘘的1%，这类肛瘘常因外伤、肠道恶性肿瘤、克罗恩病引起，治疗较为困难。