宝宝三个月大时频繁摇头可能由生理或病理因素引起，具体分析如下：

一、生理因素

三个月大的宝宝神经系统正处于发育阶段，神经行为传递信息的过程中可能会出现障碍，导致神经兴奋性升高，从而表现为频繁摇头的现象。通常随着年龄的增长，这种现象会逐渐消失。

二、病理因素

1. 过敏

宝宝可能对所穿的衣物、被褥材质过敏，或因进食不当等原因引发过敏反应。这种过敏反应会导致局部出现红疹，并伴有瘙痒感，因此宝宝通过摇头来缓解不适。建议在医生的指导下使用盐酸西替利嗪颗粒、盐酸氯雷他定颗粒、孟鲁司特钠咀嚼片等药物来控制过敏反应，改善症状。

2. 缺钙

宝宝如果缺乏均衡的营养，体内缺乏钙元素，可能会导致神经兴奋性增加，从而出现频繁摇头的现象。建议在医生的指导下使用醋酸钙颗粒、碳酸钙D3颗粒、维生素D2软胶囊等补充钙元素的药物，促进钙的吸收，改善症状。

除了上述原因外，摇头现象也可能是由自闭症谱系障碍或癫痫等引起的。如果这种症状长时间无法缓解，建议及时就医诊治，以免延误病情。