月经干净后出现小腹痛的原因有很多种，以下是一些可能的原因：

1. 子宫内膜异位症：子宫内膜异位症是指子宫内膜组织在子宫外生长并产生疼痛的情况。这种情况通常由于某些妇科疾病或者遗传因素引起。

2. 卵巢囊肿：卵巢囊肿是一种良性的卵巢疾病，它们通常会导致月经不规律、痛经等症状。

3. 子宫肌瘤：子宫肌瘤是一种良性的肌肉瘤，它们通常会导致月经不规律、疼痛等症状。

4. 子宫颈炎：子宫颈炎是一种由细菌感染引起的炎症，它们通常会导致月经不规律、疼痛等症状。

5. 输卵管炎：输卵管炎是一种由细菌感染引起的炎症，它们通常会导致月经不规律、疼痛等症状。

需要注意的是，以上只是一些可能的原因，具体情况还需要根据患者的具体情况进行判断和诊断。如果您有这些症状，建议及时就医并接受专业医生的治疗。