核苷类抗病毒药的副作用主要表现为肌痛、肌酸激酶增高、关节痛、横纹肌溶解。一般来说，肌痛、肌酸激酶增高的预后较好，但如不及时处理，有可能发展为横纹肌溶解。

绝大部分乙肝患者需要长期服用药物抑制乙肝病毒的复制，如果在不合适的时机停药，会使病毒反弹，造成肝炎活动，这比药物不良反应更厉害。患者可以咨询有经验的专科医生，切不可随意采取不当的停药措施。

像青霉素过敏性休克在过去几十年中曾经夺去过许多人的生命，但我们不能因此而淘汰这一类的药物。随着临床实践经验的增加，这些问题可以得到满意的解决。如干扰素或者聚乙二醇化干扰素治疗慢性乙肝基本会百分之百出现发热和白细胞降低，那么干扰素就不能使用了吗？不是这样的。20多年来，它还是一类非常重要的治疗药物，关键是对药物不良反应的正确判断、及时处理。

乙型肝炎的抗病毒药物属于处方药，其最佳适应证是HBVDNA阳性，ALT反复波动在100～300单位的慢性活动性肝炎病人；也可以用于乙肝病毒复制活跃的肝硬化患者，肝、肾移植术和肿瘤化疗期、围手术期的乙肝感染者。这是由于我们在药物上市前的临床研究时已经证实这些药物对肝功能异常的患者疗效较好，对肝功能正常的患者疗效差。它只能起到抑制乙肝病毒复制的作用，不能清除乙肝病毒。

另外，由于一些新的核苷类抗病毒药物对胎儿的影响尚不完全清楚，在妊娠早期不应使用；干扰素对甲状腺功能有一定的影响，对血象也有抑制作用，有甲状腺疾患和白细胞较低的乙肝患者也应慎用。医生在治疗前还应全面了解患者的既往病史和一般状况，并进行相应的检查才能决定是否需要进行抗病毒治疗，患者自行购药治疗是十分错误和危险的。