肛瘘的诊断检查方法有多种。

触诊：低位肛瘘之瘘管，在皮下可以摸到绳状硬条，由外口行向肛门，用指按压，有脓液由外口流出。

望诊：可见外口常在肛门周围皮肤上或臀部形成一突起或凹陷。周围皮肤因脓液刺激，常有脱皮发红，有时有肉芽组织由外口内突出。周围皮肤红紫色，多为结核性瘘管。

直肠指检：常在肛管后侧、齿线附近可摸到中心凹陷的小硬结，有轻微压痛，即是原发内口。

确定内口位置：可以采用病理检查和细菌培养、从病史上判断内口的位置、碘油造影、肛门镜检查、根据外口与肛门的距离来判断内口的部位、染色检查、通过探针检查及通过触诊可以帮助了解内口的位置等方法。