巧克力囊肿是一种常见的卵巢囊肿，其形成机制目前还不是非常清楚。不过，据研究发现，巧克力囊肿常常与内分泌和免疫系统的异常有关。

一般来说，巧克力囊肿的形成与女性激素雌激素和孕激素水平不平衡有关。雌激素是卵巢分泌的重要激素之一，能促进卵泡发育和排卵。如果女性体内雌激素水平过高或雌激素与孕激素比例失调，可能导致子宫内膜异位（即子宫内膜生长到子宫外的其他部位），从而诱发巧克力囊肿的形成。

此外，巧克力囊肿也与免疫系统的异常有关。研究表明，某些因素，如感染、炎症、免疫功能异常等，可能损伤卵巢组织、影响卵泡和卵巢血供，进而引起巧克力囊肿的形成。另外，家族遗传、环境因素、生活方式等也可能影响巧克力囊肿的形成。

需要注意的是，巧克力囊肿的形成机制还需要进一步研究和探讨。如果怀疑自己患有巧克力囊肿，应该及时到医院就诊，接受专业医生的诊断和治疗建议。常规治疗包括药物治疗、手术切除等，但具体方案需结合患者个体情况进行制定。