晚上睡觉时肩膀疼痛的原因通常可以分为非疾病因素和疾病因素两种。常见的疾病因素包括颈肌筋膜炎和肩周炎，而针对不同原因，我们可以采取相应的处理方法。以下是具体的分析：

一、非疾病因素

当肩膀疼痛是由于晚上睡觉时室内温度过低导致的受凉所致，我们需要注意调整室温，采取保暖措施或进行局部热敷和按摩，以改善肩膀的疼痛现象。

二、疾病因素

1、颈肌筋膜炎

如果肩膀疼痛是由颈肌筋膜炎引起的，可能是因为晚上睡觉时迷走神经兴奋性过高，导致颈部疼痛，并放射至肩部。在医生的指导下，可以采用一些消炎镇痛药物，比如布洛芬缓释胶囊、阿司匹林肠溶片或吲哚美辛肠溶片等，以促使炎症消退，从而减轻肩膀的疼痛。

2、肩周炎

若是肩周炎引起的肩膀疼痛，可能是由于颈肩部长期受到炎症刺激而未得到及时治疗。在医生的建议下，可以采用洛索洛芬钠缓释片、塞来昔布胶囊、双氯芬酸钠缓释片等药物进行治疗，以缓解晚上睡觉时的肩膀疼痛。如果药物效果不理想，也可遵循医生的建议选择肩关节前路松懈术进行治疗。

此外，滑膜炎和颈椎病等也可能导致肩膀疼痛，因此建议及时就诊，明确诊断，并按照医生的指导进行治疗。