怀孕期间处理卵巢囊肿的方法因囊肿的大小而异。下面是具体的分析：

1、小囊肿：

如果卵巢囊肿的直径不超过6cm，可能是怀孕后雌性激素水平升高引起的生理性囊肿。如果没有不适症状，并且随着孕周的延长，囊肿有可能会被吸收，因此无需特殊处理。如果囊肿在孕中期仍然存在而没有缩小，但也没有增大，可以等到生产后再进行处理。

2、大囊肿：

如果卵巢囊肿持续增大并超过6cm，或者囊肿压迫影响子宫或发生扭转导致腹痛，可能会导致流产。这时，需要及时就医进行腹腔镜手术治疗，以避免对胚囊发育造成影响或发生破裂。手术后，还应根据医嘱使用保胎药物。

在怀孕期间发现有卵巢囊肿时，建议前往医院进行详细检查，并按照医生的建议采取适当的治疗方法。