女性孕期自然流产是有原因的，而孕卵异常是早期流产的主要原因，在妊娠头两个月的流产中，约有80%是由于精子和卵子有某种缺陷，以致使胚胎发育到一定程度而终止，因此，这种流产的排出物中，见不到原始的胚胎组织。

受精卵在孕激素作用下，才能在子宫壁上着床，生长发育成胎儿。当体内孕激素分泌不足时，使子宫蜕膜发育不良，从而影响受精卵的发育，容易引起流产。如果前列腺素增多，会引起子宫肌肉的频繁收缩，也会导致流产。

孕妇患有流感、伤寒、肺炎等急性传染病，细菌毒素或病毒通过胎盘进入胎儿体内，使胎儿中毒死亡。高热可促进子宫收缩而引起流产。孕妇患有重度贫血、心力衰竭、慢性肾炎和高血压等慢性病，可因胎盘梗塞及子宫内缺氧而使胎儿残废，而致流产。孕妇营养不良，特别是维生素缺乏，以及汞、铅、酒精中毒均可引起流产。

此外，孕妇的情绪受到重大刺激，过度悲伤，惊吓，恐惧，及及情绪过分激动，可引起孕妇体内环境失调，促使子宫收缩引起自然流产。