在胚胎移植后的第九天，如果出现少量褐色分泌物，可能是由于胚胎着床成功、生化妊娠或先兆流产等原因引起的。对于这种情况，需要进行具体的分析和针对性治疗，具体如下：

1. 胚胎着床成功：

如果胚胎成功着床，子宫内膜会被胚胎侵蚀，一些女性可能会出现少量出血，表现为褐色分泌物。这是一种正常的生理现象，血量较少，无需特殊治疗，只需注意休息即可。

2. 生化妊娠：

胚胎质量或子宫内膜问题可能导致胚胎着床失败，即生化妊娠。此时，也可能出现褐色分泌物。如果出现这种情况，建议前往医院进行清宫处理，以便进一步处理。

3. 先兆流产：

先兆流产可能是由于后期外因引起的，子宫内膜脱落也会导致褐色分泌物出现。在医生的指导下，可以通过肌肉注射或口服黄体酮来保胎。

除了上述原因，盆腔炎、阴道炎、子宫内膜炎等疾病也可能引起这种现象。建议及时就诊，以免耽误最佳治疗时机。