一般情况下，引发胆结石疼痛的原因可能是由生理或病理因素所致。下面是具体的分析：

一、生理因素

1、饮食习惯

通常在凌晨三四点这个时间段，人体处于饥饿状态。有些人可能在夜间进食，尤其是摄入高脂肪、高胆固醇的食物，这可能会刺激胆囊收缩并引发胆绞痛。

2、迷走神经兴奋

夜间时机体的迷走神经会兴奋，交感神经的作用减弱，导致胆囊收缩，胆汁排出，从而可能引起疼痛。

二、病理因素

1、胆囊收缩

胆囊在夜间可能会收缩，尤其是在凌晨三四点这个时间段。这是因为人体的生物钟对胆囊的收缩和胆道的运动有调控作用。胆囊的收缩可能会导致胆结石被推向胆囊的出口或胆道，从而引发疼痛。

2、胆道扩张

夜间胆道可能会扩张，这可能导致胆结石卡在胆道中，进而引发疼痛。

除了上述原因，凌晨时段胆结石引起的疼痛也可能与胆绞痛有关。对于胆结石患者，如果经常出现疼痛症状，建议及时接受治疗。