一般情况下，早上起床时感到肩膀锁骨疼痛可能是由于肩颈部肌肉劳损、肩周炎或风湿性关节炎等原因引起的。具体分析如下：

1、肩颈部肌肉劳损

可能是由于长时间保持睡眠姿势或使用高枕头等原因导致肩颈部肌肉紧张、劳损和疼痛等症状。这种情况可以通过改变睡姿、热敷和按摩来缓解，一般坚持一段时间后症状会减轻。

2、肩周炎

长时间侧卧或仰卧可能会给肩部施加压力，导致肩袖肌腱劳损，可能引起肩周炎和锁骨疼痛。医生可以建议患者使用非甾体类抗炎药物来缓解疼痛，常用药物包括布洛芬缓释片和依托考昔片等。

3、肩关节滑膜炎

肩关节滑膜炎是一种肩部疾病，可能导致早上起床时肩膀锁骨疼痛。滑膜炎通常是由于过度使用或感染等原因引起的。在医生的建议下，患者可以使用洛索洛芬钠片、利多卡因乳膏等药物进行治疗。情况严重时，可能需要进行手术治疗。

除了上述原因外，肩锁关节脱位、强直性脊柱炎和甲状腺结节等问题也可能导致类似症状。建议患者在出现上述情况后及时到正规医院进行检查，并选择相应的治疗方式，以避免病情恶化。