看书时眼睛疼痛可能有生理原因，也可能有病理原因，例如细菌性结膜炎、病毒性结膜炎、角膜炎等。不同原因需要采用相应的处理方法。

一、生理原因：

如果看书时间过长，频繁近距离阅读，或者在昏暗的环境下看书，容易导致视疲劳，进而引起眼睛疼痛。建议合理用眼，可以进行眼保健操或按摩眼睛，以缓解眼部疲劳。

二、病理原因：

1. 细菌性结膜炎：

不注意眼部卫生或感染金黄色葡萄球菌等细菌可能导致细菌性结膜炎，进而导致看书时眼睛疼痛。这时可以按医嘱使用左氧氟沙星滴眼液、加替沙星滴眼液等药物进行治疗。

2. 病毒性结膜炎：

长期熬夜、饮酒或感染单纯疱疹病毒等可能引起病毒性结膜炎，从而导致看书时眼睛疼痛。在医生的指导下，患者可以使用阿昔洛韦滴眼液、更昔洛韦滴眼液等药物进行治疗。

3. 角膜炎：

外伤或感染结核杆菌、衣原体等病原微生物可能导致角膜炎，患者眼部会感到刺痛，可能导致看书时眼睛疼痛。此时，可以按医嘱使用盐酸奥洛他定滴眼液、富马酸依美斯汀滴眼液等药物进行治疗。

除了上述情况，感冒、过敏性结膜炎等也可能导致看书时眼睛疼痛，建议根据医生建议进行治疗。