月经少但是一直不干净可能有多种原因，以下是一些常见的原因：

1. 内分泌失调：女性在月经期间内分泌失调，导致卵巢排卵功能减弱，月经周期变短。

2. 营养不良：如果饮食中缺乏某些营养素，如维生素B、铁、钙等，会影响身体的正常代谢和生理功能。

3. 压力过大：长期的精神压力和焦虑等情绪问题会影响身体的健康和生理功能。

4. 疾病或感染：某些疾病或感染可能会影响女性的月经周期和排卵功能。

5. 药物副作用：某些药物也可能会影响女性的月经周期和排卵功能。

如果您有月经少但是一直不干净的症状，建议您及时就医并咨询专业医生的意见。他们可以通过检查和评估来确定原因并提供相应的治疗方案。