怀孕的胚胎发育不好可能有多种原因，以下是一些常见的原因：

1. 染色体异常：在怀孕早期，有些人可能会出现染色体异常，这可能会导致胚胎发育不良。

2. 遗传疾病：一些遗传疾病也可能导致胚胎发育不良，例如囊性纤维化等。

3. 营养不良：营养不良也可能导致胚胎发育不良。例如，缺乏某些重要的营养物质，如叶酸、铁和维生素D等。

4. 早期妊娠期间的感染：感染也可能导致胚胎发育不良。例如，葡萄球菌感染、线虫感染等。

5. 子宫内膜异位症：子宫内膜异位症是一种常见的妇科疾病，它会导致子宫内膜组织在子宫外生长并形成囊肿。这可能会影响胚胎的发育。

如果您怀疑自己或您的伴侣有怀孕早期的问题，建议及时咨询医生进行检查和诊断。