三个月后的流产后，有些患者可能会出现隐隐作痛的肚子不适感。这种不适可能是由腹部受凉、月经来潮或宫腔感染等因素引起的。具体情况需根据患者的实际情况来对症处理。以下是对可能因素的具体分析：

1. 腹部受凉：

流产通常是通过药物或手术提前结束妊娠。在手术后，患者的子宫和阴道等部位可能会受到不同程度的损伤，此时身体较为虚弱。如果腹部受凉，平滑肌可能会收缩痉挛，导致三个月后肚子隐隐作痛。通常情况下，无需特殊处理，可以使用暖宝宝进行热敷。

2. 月经来潮：

在妊娠期间，由于体内孕激素水平较高，子宫内膜相对稳定，因此会停经。在流产后三个月，激素水平会下降，月经基本恢复正常。在月经来潮前，子宫收缩逐渐频繁，也可能引起肚子隐隐作痛的症状。建议在此期间注意保暖，避免过度疲劳。

3. 宫腔感染：

如果手术过程中操作不当，可能导致宫腔严重损伤，甚至有胚胎组织残留。手术结束后，受损部位可能会受到外界细菌感染，引发炎症反应，局部黏膜水肿和炎性物质分泌，从而导致宫腔粘连和上述症状。建议前往医院进行腹腔镜手术治疗。

除了上述情况，肚子隐隐作痛还可能是由子宫内膜炎、宫颈炎、宫腔粘连等疾病引起的。如果疼痛无法缓解，建议及时就医检查，以免延误病情。