跑步时脚踝疼痛的原因可能有很多，以下是一些常见的原因：

1. 肌肉疲劳：跑步时，由于肌肉疲劳导致血液循环不畅，血液流动不畅，从而引起了足部的疼痛。

2. 扭伤或拉伤：如果在跑步中扭伤或拉伤了足部，可能会导致疼痛和肿胀。

3. 足部过度使用：如果长时间在跑步中使用同一个脚踝，可能会导致足部过度使用，从而引起疼痛和肿胀。

4. 关节炎：如果足部有关节炎，也可能会导致疼痛和肿胀。

5. 运动损伤：如果在跑步中受到了严重的运动损伤，例如韧带或肌腱撕裂等，也可能会导致疼痛和肿胀。

6. 其他因素：还有一些其他因素也可能会导致足部疼痛，例如感染、骨折、关节炎等。

建议您及时就医进行诊断和治疗。同时，注意保持足部的适当休息和运动，避免过度使用足部。如果疼痛持续或加重，请及时咨询医生并进行治疗。