卵巢巧克力囊肿和卵巢囊肿是两种不同的妇科疾病，它们之间有一些区别。

首先，卵巢巧克力囊肿是一种比较常见的妇科疾病，通常发生在女性40岁以上。它是指在子宫内膜中形成的小结节或团块，这些结节或团块通常很小，不会对身体造成任何危害。卵巢巧克力囊肿通常是无症状的，也就是说，它们不会引起任何不适或疼痛。

相比之下，卵巢囊肿则是一种更严重的妇科疾病。它通常发生在年轻女性中，可能会导致月经异常、疼痛、流血等症状。如果没有得到及时治疗，卵巢囊肿可能会引起严重的健康问题，如输卵管堵塞、不孕等。

因此，虽然两种疾病都与子宫内膜有关，但卵巢巧克力囊肿通常比卵巢囊肿更为轻微，而且不会对身体造成任何危害。