第一、神经学异常

自闭症通常伴随着智力障碍，这提示了神经学与该疾病的密切关联。近30%的患儿在儿童期或青春期可能会经历一种或多种类型的癫痫发作，其中部分伴随全身症状，而部分则不伴全身症状，这成为其主要的发作类型。

第二、围生期异常

研究发现，自闭症与妊娠、分娩以及新生儿期的异常情况有关，尽管这些并发症没有明显的统一特征。

第三、消化系统异常

某些消化系统异常疾病，例如胃食管反流和肠消化酶缺乏，可能部分解释了自闭症患儿易怒、攻击性行为或夜间惊醒的情况。

第四、疫苗

最初有证据表明麻疹、腮腺炎、风疹疫苗的接种可能增加自闭症的风险，但随后的研究未能证实这一观点。关于疫苗中含有的防腐剂硫柳汞是否与自闭症的发病率增加有关，目前尚无定论。

第五、遗传因素

自闭症与一些遗传性疾病，如结节性硬化、苯酮尿症、脆X综合征以及唐氏综合征有关，这些疾病都表现出自闭症的症状。