子宫切除后HPV16仍存在，表明子宫切除术后检测结果显示HPV16呈阳性。建议患者采取一般治疗、药物治疗和手术治疗等方法来处理。具体建议如下：

1. 一般治疗：

在子宫切除后，若HPV16仍然呈阳性，患者应进行定期观察。如果在一段时间内未见阴性转换，建议密切随访，定期进行HPV检测，以及及早发现宫颈病变和癌变复发的可能性。此外，建议保持积极的心态，注重饮食健康，适当增加运动。

2. 药物治疗：

患者可以在医生指导下使用免疫增强剂，如胸腺肽肠溶片、转移因子口服溶液等，以增强身体免疫力，避免因免疫功能低下而加重感染，并提高局部清除病毒的能力。

3. 手术治疗：

如果通过阴道活检明确存在阴道残端复发的风险，患者应及时就医，进行子宫切除手术。

除了手术治疗外，还可采用激光、冷冻等物理疗法进行有效治疗。此外，患者还应积极参与体育锻炼，增强自身的抵抗力和抗病能力。