卵巢是女性的重要生殖器官，卵巢是卵子发育、成熟、排出的场所，在卵巢皮质内的不同阶段的卵泡，若卵巢遭受到破坏，会使卵子发育、成熟以及排出受损，就会导致不孕。

如果囊肿很小，对排卵功能没有影响，那么就不会影响怀孕。有一部分，比如说囊肿很大，占据了整个卵巢的位置，卵巢皮质很薄，而且有一部分肿瘤可以分泌一些激素，影响卵巢的排卵功能和发育，这个可能会影响怀孕。还有就是子宫内膜异位症，这个病发生率很高，而且对生育有一定的程度的影响。

卵巢囊肿会影响生育，主要表现在，此病可以使已怀孕的女性产生妊娠不良的现象。卵巢囊肿在早孕时可能引起流产，中期妊娠时则易发生卵巢囊肿蒂扭转，晚期妊娠囊肿较大者可导致胎位异常，分娩时可能阻塞产道引起难产。妊娠期盆腔充血，可使肿瘤迅速增大甚至有引起恶变的可能，因而孕前手术比妊娠手术更有好处。

如果已怀孕，在妊娠16-24周时手术是合适的。手术本身并不影响胎儿的发育，但妊娠12周内手术易引起流产，晚期妊娠时手术则比较困难且容易引起早产。当然，出现紧急情况如囊肿蒂扭转或破裂则另当别论，应随时手术治疗。