肛瘘形成初期是以脓肿、炎症为主，炎症消退，瘘道逐渐形成，局部症状逐渐减轻。但复杂性肛瘘或有急性感染时，局部有明显的炎症反应，并伴有全身症状。

①脓液淋漓不断：反复感染，炎症经常刺激，脓水不断从外口流出、污染内裤。

②不能自然愈合：由于肛门括约肌的收缩与舒张，压迫瘘道，影响脓液排出而难愈合;瘘管弯曲、引流不畅;脓腔缩小、腔壁有结缔组织增生而坚硬也很难粘连愈合。

③反复发作、病程缠绵、病情复杂：由于瘘管大多呈弯曲形，使引流不畅，外口容易闭塞，出现假性愈合;当脓腔压力大时，脓液可流向括约肌间隙而蔓延扩散、形成新的脓肿，破溃后成新的外口，所以病程缠绵的瘘管可有多个外口、多个分管或演变成高位复杂肛瘘。

①全身症状在急性炎症期和复杂性肛瘘反复发作时，可出现不同程度的发热、或伴有消瘦、贫血、体虚等长期慢性消耗症状。

②疼痛瘘管通畅无炎症时常不感疼痛，只感觉局部发胀和不适，行走时加重。当瘘管感染或脓液排出不畅而肿胀发炎时，可引起疼痛。内瘘时常感到直肠下部和肛门部灼热不适，排粪时感到疼痛。

③瘙痒由于脓液不断刺激肛周皮肤，常感觉瘙痒，肛周潮湿不适，皮肤变色、表皮脱落，纤维组织增生和增厚，有时形成湿疹。

④排便不畅复杂性肛瘘口久不愈，可引起肛门直肠周围形成大的纤维化瘢痕或环状的条索，影响肛门的舒张和闭合，大便时感到困难，有便意不尽的感觉。