(1)外用药膏:元素疣、维A酸乳膏、肽丁胺软膏等含有激素类成分，长久使用对人体危害相当大。建议不用，或者少用。

(2)口服药:由于从口服到内脏吸收到达皮肤,药力损耗大,不是直接杀灭病毒,所以效果并不理想,并且要长期连续服用几十天,一般人很难坚持。

(3)采用激光铲除的方法:由于扁平疣病毒是在表皮下面,激光只能铲除表面扁平疣颗粒,而皮下病毒没有铲除,所以不可能起到根本的治疗作用,往往过了几个月扁平疣还会重新发出来.

(4)注射激素转移因子:西医治疗扁平疣主要注射转移因子等激素来提高人体免役功能.由于这一种间接性治疗不是直接能杀灭扁平疣病毒,所以治愈率也很低,特别是对一些年龄偏高的人.