胃肠道作为人体排泄器官之一，亦是机体代谢产物及毒素排出体外的重要通道。正常人每日摄入蛋白质后，其代谢产物及毒素75％从肾脏排泄，25％由肠道排出。在慢性肾衰竭时，肠道毒素的排出量从占正常总量的25％上升至80％，特别是血肌酐，尿素氮分泌至肠腔内的含量明显增高，此为中药结肠灌肠治疗该病提供了理论依据。

中药结肠灌肠利用结肠的生理学特性，用人体自身的肠壁作为透析膜，模仿腹膜透析的原理而设计，通过弥散和渗透作用达到排除体内蓄积的代谢废物，纠正电解质平衡紊乱，排除体内过剩的水分，改善病人的内环境紊乱，减少肺部和心血管并发症的治疗目的。胃肠黏膜具有半透膜特性，有选择性的吸收和排泄功能。肠道给药既可刺激肠道黏膜，增加毛细血管通透性，使体内氮质等毒物随肠道分泌排出体外;又可加速食物残渣的排泄，抑制肠道菌群的生长，从而减少肠腔内蛋白分解，使肠源性氮质减少。所以结肠灌肠尤其适合于早中期肾衰竭患者。中药结肠灌肠还可通过肺与大肠相表里，肺主气、朝百脉之功能，有输布精微等物质以濡养五脏六腑、四肢百骸的作用，将药液随气血散布全身，发挥整体的治疗作用。

结肠灌肠疗法，不仅融合了现代医学先进疗法的长处，更发挥了中医中药全身性调节与治疗作用，改变了传统中药保留灌肠疗法可透析面积小且吸收能力差的不足，对延缓慢性肾衰竭的进展具有重要意义。既往临床治疗观察也证实了中西医结合配合中药结肠灌肠疗法治疗慢性肾衰竭具有较好的临床疗效，明显改善了血清肌酐、尿素氮的水平，并在一定程度上提高了内生肌酐清除率，延缓了肾功能的进一步恶化，为病人解除痛苦，是治疗慢性肾衰竭的有效方法。