肛门湿疹病因复杂，本病多因风、湿、热邪客于肌肤。或血虚生风，化燥伤阴，肌肤失养。或脏腑蕴毒，浊气下降，尿粪浸渍。或食积虫扰所致。饮食失节，脾失健运，内蕴湿热，也是本病发生的重要原因。《外科正宗》说：此证初如粟米，痒而蒹痛，破流黄水，浸淫成片，随处可生。由脾胃湿热，外受风邪，相搏而成。如风盛则瘙痒不止，湿盛则糜烂流水，风湿互结，发为风湿疡。若见皮厚如革，干枯皲裂，发为顽湿。总之，急性者多因素体血热，或饮食不节，伤及脾上，运化失职，致使湿热内蕴，下注肛门，留滞肌肤而发，或由外感风热之邪侵淫肌肤所致。慢性者多由急性湿疹反复发作，病久邪深，湿郁化火，耗伤津血，以致血虚生风化燥。或肝肾不足，肌肤失养而成。

湿疹的病因和发病机理是比较复杂的，可能与以下因素有关：

有些患者环境改变和经过锻炼，体质增强后，再接受以往刺激因子，可不再发生湿疹。说明湿疹的发生与体质有密切关系。本病遗传基因也有一定关系。遗传性过敏性皮炎病人有形成IgE的素质，对体内或体外的致病因子有较正常人为高的敏感性，除湿疹外，还可患其他过敏性疾病，如哮喘、鼻炎等。

当机体处于过度疲劳、精神紧张、压抑情况下，可引起湿疹，或使某些湿疹症状加重。神经系统功能障碍，特别是植物神经失调时，常可诱发湿疹。

如患者有痔疮、脱肛、肛管上皮缺损等疾病，由于患者自己的组织蛋白在其体内或体表经过一种复杂过程，使患者皮肤发生自体敏感，可使皮肤发生湿疹样改变。如胆囊炎，膀胶炎等可以是慢性湿疹的原因。

如女性月经期的皮肤变化，即所谓月经疹或黄体酮自家过敏性湿疹，糖尿病患者的湿疹样皮疹，都说明内分泌与代谢性疾病是湿疹的发病因素之一。