小拇指指甲盖疼痛可能有多种原因，包括：

1. 损伤或受伤：如果你的手指被打、碰撞或摔倒等导致了损伤，那么这种疼痛就很可能是由于受伤引起的。

2. 感染：如果你的手指被感染了，也会出现类似的疼痛。例如手指上有结节、疖子或其他类型的感染。

3. 血管问题：某些情况下，手指上的血管可能会出现问题，导致疼痛。这可能是由于手指长期处于弯曲或不良姿势引起的。

4. 神经问题：在某些情况下，手指上的疼痛可能与神经系统有关。例如，当你握住一个物体时，手指可能会紧张而导致疼痛。

如果你的小拇指指甲盖疼痛持续时间较长或伴随其他症状（如肿胀、红肿等），建议及时就医。