1、疼痛：平时一般疼痛不明显。脓液积存于管腔内引流不畅时，局部胀痛，并有明显压痛，脓液引流后疼痛减轻。

2、流脓：脓液多少与瘘管大小、长短及数目有关。新形成或炎症急性发作期的瘘管脓多、味臭、色黄而浓厚，经久不愈的瘘管脓液较少或时有时无。脓液急剧增多，局部脓肿，体温增高。

3、出现肿块：肛缘索条状硬块，常为患者的主诉之一，炎症急性发作时外口若封闭，引流不畅时肿块增大。

常因肛瘘炎症急性发作或有支管形成。结核性肛瘘脓液多而清稀，呈米泔水样，可有干酪样坏死物。高位复杂性肛瘘患者会出现瘙痒，因肛内黏液分泌物增多或外口周围脓液的刺激常致肛门皮肤遭殃或湿疹。