实验室诊断巨细胞病毒是通过病毒分离或血清学检查。

母亲原发性感染的诊断大多数通过血清学检查而不是病毒培养。病毒培养阳性可能由于病毒的重新激活产生。血清学特异性cmv滴度由阴性转为阳性强烈提示感染。cmv特异性igg水平在急性期较恢复期高出4倍或更多，以及由可靠的实验室在检测时发现cmv特异性igm水平升高均提示新的获得性感染。但是需谨慎地看待结果，因为igm可在cmv再激活时产生，或持续存在了一段时间，或在原发性感染时没能测到。igg水平的测定通过补体结合，免疫荧光，间接血凝法，放射免疫分析或酶联免疫吸附试验进行。igm水平最可靠的测定方法是放射免疫分析和酶联免疫吸附试验。

在新生儿中病毒培养是最基本的诊断方法。培养标本在接种至纤维母细胞前应冷冻保存。生后2周内从尿或其他体液中分离到病毒，可诊断为先天性巨细胞病毒感染。2周后培养阳性可提示围产期或先天性感染。这两种类型感染后的新生儿可携带cmv数年。

全血细胞计数和分类，肝功能检查可能也有帮助，同时应对新生儿头部作放射学检查和眼科检查。

有症状的先天性cmv感染必须与其他的先天性感染相鉴别，包括弓形虫，风疹，单纯疱疹和梅毒。

有症状新生儿的死亡率达30%，70%~90%的存活者中有一定程度的中枢神经系统的损害，包括听力丧失，智能落后和视力障碍。另外，10%的无症状婴儿最终也可发生中枢神经系统后遗症。因为听力缺损令人担忧，因此须在新生儿期后进行密切监测。