深呼吸时气管出现疼痛可能是由生理或病理因素引起的。下面将对具体原因进行分析：

一、生理因素

短时间内进行剧烈的身体活动会导致人体耗氧量过多，使呼吸频率加快，进而引起气管部位肌肉异常扩张，气管内部空气流速增加，导致表面黏膜干燥和受损。在这种情况下，深呼吸时感到气管疼是正常现象，无需特殊处理。

二、病理因素

1、支气管炎

患有支气管炎的人在病情发作期间，支气管部位会产生特异性炎症，侵袭局部黏膜，导致充血肿胀，引起剧烈咳嗽。同时，支气管周围组织受到影响，也会出现深呼吸时气管疼痛的症状。建议患者在医生指导下使用复方甲氧那明胶囊、头孢克洛缓释片、布地奈德福莫特罗吸入粉雾剂等药物治疗。

2、肺炎

与肺炎患者近距离接触可能导致肺炎病毒通过飞沫传播，进入被传染者的呼吸道，导致其呼吸系统防御功能受损。如果病情未得到有效控制，炎症因子可能蔓延至气管和咽喉等部位，也会引起类似的症状。建议患者根据医嘱使用阿奇霉素片、头孢克肟胶囊、利巴韦林片等药物进行治疗。

此外，深呼吸时气管疼也可能与肺结核有关。建议日常饮食保持清淡，减少对气管部位的刺激。

无论深呼吸气管疼是由生理还是病理因素引起的，在出现持续或严重的症状时，务必及时就医，接受专业医生的检查和治疗。