去甲万古霉素和万古霉素是两种不同的抗生素，它们在分子结构、药效方面和适应症上有显著的差异。以下是具体的分析：

1、分子结构

去甲万古霉素是万古霉素的衍生物，其分子结构相较万古霉素更为简单，去除了一个甲基基团。

2、药效方面

去甲万古霉素和万古霉素在药效上也有明显区别。去甲万古霉素的抗菌活性较强，对某些细菌的抑制作用更为显著。此外，相较于万古霉素，去甲万古霉素的毒副作用较小，因而更适合长期使用。

3、适应症

去甲万古霉素和万古霉素的适应症也不相同。万古霉素主要用于治疗革兰阳性菌感染，例如肺炎、脑膜炎和败血症等。而去甲万古霉素不仅对革兰阳性菌有抗菌作用，还对某些革兰阴性菌、支原体和衣原体等具有一定的抗菌作用，适用范围更广泛。

在使用这些药物时，务必遵循医生的建议，并按照药物说明书的要求正确使用，以获得最佳的治疗效果。