早晨醒来时感觉膝盖不舒服，可能是因为生理原因，也可能是由于骨关节炎、半月板损伤等疾病所致。建议及时就医检查，并采取一般治疗、物理治疗和药物治疗来缓解不适。以下是详细分析：

一、生理原因

如果在晚上进行了长时间的跑步或最近长时间走路，可能会导致膝关节损伤，从而在早晨起床后感觉膝盖疼痛。建议在受影响的区域进行适当的热敷和按摩，以减轻不适症状。

二、疾病因素

1. 骨关节炎

骨关节炎是由于膝关节软骨损伤和退化而引起的，导致膝关节发生无菌性炎症。当晚上睡觉时腿部活动减少时，炎症因子会在膝关节积聚，导致早晨醒来时膝关节不舒适，并可能出现肿胀和活动受限等症状。在平时应避免过度运动，并尝试物理治疗方法，如针灸、按摩和牵引。

2. 半月板损伤

剧烈运动或膝盖受到外力撞击时，可能会导致半月板损伤。损伤的半月板碎片可能会卡在膝关节内，在早晨起床后活动膝盖时，损伤的半月板会与膝关节摩擦，引发疼痛症状。可以在医生的指导下使用布洛芬缓释胶囊、活血止痛胶囊、尼美舒利片等药物来缓解半月板损伤引起的疼痛。

除了上述因素外，早晨起床膝盖不适也可能是由风湿性关节炎、滑膜炎、痛风等引起的。如果持续出现早晨起床膝盖不适的症状，应及时就医以明确病因，并接受医生的有针对性治疗。