通常情况下，两个月大的宝宝在睡觉时摇头并且手脚乱动可能是由于生理原因引起的，也不能排除病理原因的可能性，如缺钙或感冒等。因此，治疗方法应根据具体的病因进行选择。以下是具体的分析：

一、生理原因：

如果宝宝处于较高的睡眠环境温度，或盖的被褥太厚，会导致宝宝感到不舒服，从而可能出现摇头和手脚乱动的情况。可以通过适当调节室内温度或减少被褥厚度等方法改善这种情况。

二、病理原因：

1. 缺钙：

宝宝体内缺乏钙元素会影响正常的生长发育，并可能导致睡眠质量不佳。在医生的指导下，可以使用碳酸钙D3颗粒、葡萄糖酸钙口服溶液、龙牡壮骨颗粒等药物治疗。

2. 感冒：

感冒是一种常见疾病，易使宝宝全身不适，如发热、全身酸痛等，进而影响宝宝的睡眠质量。在医生的指导下，可以使用小儿氨酚黄那敏颗粒、小儿感冒颗粒、头孢克肟颗粒等药物治疗。

除了上述原因外，还应考虑急性胃肠炎、癫痫、婴儿痉挛等原因。可以使用口服蒙脱石散、地衣芽孢杆菌活菌颗粒、枯草杆菌二联活菌颗粒等药物治疗。由于宝宝年龄较小，在使用药物时务必严格遵医嘱，不能自行增减剂量。严重症状需要及时就医治疗。