男性生殖器勃起时疼痛可能是由于以下原因引起的：

1. 神经肌肉疾病：例如先天性神经纤维瘤、脊髓灰质炎等，这些疾病会导致神经纤维受损，从而引起勃起障碍。

2. 血管问题：包括血管瘤、血管畸形等，这些疾病会导致血管扩张和收缩不平衡，从而引起勃起障碍。

3. 心理因素：例如焦虑、紧张、压力等，这些情绪状态会影响到神经肌肉的协调和控制，从而引起勃起障碍。

4. 药物副作用：某些药物可能会对神经肌肉产生刺激作用，从而引起勃起障碍。

如果您出现了勃起时疼痛的症状，建议及时就医，进行相关检查和治疗。同时，保持良好的生活习惯和健康的饮食习惯也有助于缓解疼痛。