通常情况下，早晨醒来时脸颊两侧的疼痛可能是由智齿、外伤或面部神经炎等原因引起的。具体分析如下：

1. 智齿

当智齿开始生长时，会导致脸颊两侧肿胀和疼痛。轻度症状可以通过口服肿痛安胶囊或甲硝唑片来减轻脸颊的疼痛。

2. 外伤

摔倒或遭受剧烈撞击后，可能导致脸颊两侧软组织损伤，引起局部充血和水肿，伴随明显的疼痛。患者可以通过局部冰敷来减轻组织肿胀。

3. 面部神经炎

面部神经受损或发炎引起的神经性疼痛，可能会导致脸颊两侧的疼痛。在这种情况下，可以选择热敷、红外线照射或短波透热疗法等方法来改善症状。

除了上述情况，脸颊疼痛还可能是由面神经瘤、面肌痉挛等引起的。总之，如果出现上述症状并且疼痛问题较为严重，建议患者及时就医，在正规医院选择适当的治疗方式。