肛门周围及骶尾部也有许多瘘管，易被误诊为肛瘘，应加以鉴别。

①会阴尿道瘘：多因尿道损伤或狭窄所致，尿道球部与皮肤相通，排尿时小便从瘘口流出，直肠内无瘘口。

②骶骨前瘘：由骶骨与直肠之间的脓肿在尾骨附近穿破形成，无通向肛门的瘘管。

③先天性瘘：由骶尾部囊肿化脓破裂形成，原发外口常在臀沟中点，尾骨尖附近。瘘内可见毛发，由胚胎发生。

④骶尾部瘘：常由臀部损伤，如打击、脚踢和擦伤引起，在骶尾部形成脓肿，从而形成瘘管。

⑤化脓性汗腺炎：其病变在皮肤及皮下组织，病变范围广泛，可有无数窦道开口，呈结节状或弥漫性，但窦道均浅，不与直肠相通，切开窦道后无脓腔和瘘管。

⑥结核性肛瘘：内外口较大，边缘不整齐，瘘管常无硬变。

⑦慢性结肠炎并发肛瘘(略)。

⑧先天性直肠瘘：常开口于会阴或阴道，内口在肛管壁上，不在肛窦附近。

⑨其他：如直肠尿道瘘、直肠膀胱瘘、直肠阴道瘘等，较易与肛瘘鉴别