还有另一种情况，病人曾有过某种方式的感染途径，但由于病人抵抗力强，没有出现过或仅出现过非常不显著的临床症状如宫颈硬下疳，以后一直没有临床表现，但梅毒血清为阳性，这都是潜伏梅毒。

潜伏梅毒的发生主要取决于机体本身的免疫力、治疗与梅毒螺旋体之间的较量的结果。当机体免疫功能正常，或在治疗其他疾病时曾不正规地使用过与治疗梅毒有关的药物，产生了一定的治疗效果时，体内的梅毒螺旋体受到一定的限制；当机体在某阶段健康状况不佳、免疫功能降低时，梅毒螺旋体可乘机在人体内广泛活动并损害各种组织。当出现前一种情况时，即为潜伏梅毒，当出现后一种情况时，就叫做显发梅毒。

潜伏梅毒的分期完全同显性梅毒，后天梅毒以2年为界，先天梅毒以2岁为界，均可分为早期和晚期。

潜伏梅毒，由于患者基本上没有感觉和表现，即使有也是很轻微的极易被病人本人所忽视而未引起重视，不及时去就诊。而体内组织内螺旋体依然存在，对组织器官的破坏依然在进行；潜伏梅毒病人依然有传染性，对周围性侣或密切生活在一起的亲人构成威胁。

可见，要早期发现潜伏梅毒病人，在各种人群中开展梅毒血清筛查试验是十分重要的。