巧克力囊肿，也称为卵巢子宫内膜异位囊肿，通常采用腹腔镜微创手术进行治疗。手术需在合格的医院内进行，具体步骤如下：

1. 患者进入手术室，平卧在手术台上，由麻醉师施行全身麻醉，并进行腹部常规消毒。

2. 在麻醉生效后，医生会在患者髂前上棘的1/3和2/3处进行小切口，然后插入腹腔镜和分离钳。

3. 在腹腔镜的引导下，医生定位卵巢囊肿的位置，并使用分离钳进行囊肿的剥除。剥除后，会使用双极电凝钳对创面进行止血。

4. 将剥除的卵巢囊肿放入标本袋中，并通过扩大的切口取出。

5. 取出腹腔镜、双极电凝钳等器械后，对切口进行缝合，手术结束。

术后，患者需要注意个人私密处的清洁，可以每天用温开水进行清洗，以预防细菌感染。