当跑步时脚底磨出水泡，通常是由于以下非疾病因素引起，例如不合适的鞋子、过度运动和不正确的跑步姿势。如果水泡很小且不影响行走，可以不进行特殊治疗，让其自然吸收。但如果水泡较大，可以用无菌针刺破水泡，并涂抹莫匹罗星软膏等药物以预防感染。

1. 鞋子不合适

如果鞋子不合适，可能会影响足部运动，造成在行走、运动和鞋子摩擦时产生剪力，使脚底的表皮与皮下组织分离并充满液体，从而导致水泡。因此，建议平时选择适合脚部舒适度的鞋子进行跑步。

2. 运动过量

过度运动会增加足部皮肤的摩擦，很可能导致脚底产生水泡。为了避免水泡的发生，建议平时注意运动量的控制。

3. 跑步姿势不正确

不正确的跑步姿势也可能导致脚底磨出水泡。一般建议寻求专业人士的帮助，确保以正确的姿势进行跑步，以免引发相关疾病的发生。

当出现跑步时脚底磨出水泡的情况时，建议停止运动并及时休息。可以等待水泡自行破裂和康复，也可以去医院使用无菌针刺破水泡，并积极预防感染。平时跑步时，建议做好相关的运动前准备，以避免引发相关疾病的发生。