跑步膝盖内侧疼痛的原因可能有很多种，以下是一些常见的原因：

1. 肌肉疲劳：长时间进行高强度的运动，如跑步、篮球等，会导致肌肉疲劳和拉伤。

2. 膝盖关节炎：膝盖关节炎是一种常见的运动损伤，可能由于过度使用或者缺乏锻炼引起。

3. 股骨头坏死：股骨头坏死是一种比较严重的骨骼疾病，如果不及时治疗，可能会导致膝盖内侧疼痛。

4. 膝盖外伤：如果在跑步时发生了外伤，如扭伤、挫伤等，也可能导致膝盖内侧疼痛。

5. 其他因素：例如运动量过大、缺乏适当的休息和恢复等。

建议您在进行跑步时要注意自己的身体状况，如果出现疼痛或者其他不适症状应该及时就医。同时，建议选择合适的跑鞋和穿戴合适的装备来减少受伤风险。